두개의 정수를 a,b에 입력을 받았을 경우

큰수에서 작은 수를 빼야 하므로 a와 b중 더 큰것을 찾아야 합니다.

if(a>b) // a가 b보다 크면
{
    //a-b 를 출력
}
else //아니면 즉, b가 a보다 크거나 같으면
{
  // b-a를 출력
}
이렇게 하면 됩니다.