0.34초는 시간초과가 아닙니다.
오류가 뜨는 것은 대체로 참조하는 메모리가 범위를 벗어난 경우에 해당됩니다.
님의 코드에서는 for문에서 j는 i+1부터 시작하면 되는데 1부터 시작하니 d가 음수가 나오는 경우가 발생하여  메모리 범위를 벗어나게 되고 실행에러가 나는 것입니다.

전체적으로 강의의 내용을 잘 이해하고 충실하게 반영한 매우 훌륭한 프로그램입니다.
만약 초등학생인데 다른 도움없이 강의만 듣고 작성했다면 대단한 재능을 가진 학생인것 같습니다.

여기에서 소스를 분석하거나 수정하여 제공하지는 않지만 워낙 열심히 하는 것 같아 위의 소스를 보다 단순하게 수정해 보았습니다.
특히 함수를 작성할 때는 if문을 최대한 줄이고 리턴 조건을 먼저 처리한 후에 코딩을 하면 전체적으로 무척 깔끔해 지고 에러율도 줄일수 있으며 잘못된 부분을 찾아내기도 훨씬 용이합니다.
코딩을 단순하게 하는 훈련만 조금 하시면 앞으로 상당한 발전이 기대됩니다.

#include <stdio.h>
int aa[3010][3010];
int a[1000010];
int n;
int in[3010];
int max=0;
int t(int i, int j) {
 int d=j-i;
 if(i-d<=0 || a[i-d]==0) return 0;
 if(aa[a[i-d]][a[i]]>0) return aa[a[i-d]][a[i]]+j;
 return i-d+i+j;
}

int main() {
 int i,j;
 FILE*fin = fopen("INPUT.TXT","r");
 fscanf(fin,"%d",&n);
 for( i=1;i<=n;i++) {
  fscanf(fin,"%d",&in[i]);
 }
 fclose(fin);
 for( i=1;i<=n;i++) {
  a[in[i]]=i;
 }
 for( i=1;i<n;i++) {
  for( j=i+1;j<=n;j++) {
   aa[i][j]=t(in[i],in[j]);
   if(aa[i][j]>max) max=aa[i][j];
  }
 }
 FILE*fout = fopen("OUTPUT.TXT","w");
 fprintf(fout, "%d", max);
 fclose(fout);
 return 0;
}